Comic Girls bercerita tentang Moeta Kaoruko (Chaos-Chan), merupakan gadis SMA berusia 15 tahun yang sedang berusaha membuat manga nya sendiri dan di kirim ke editor untuk di terbitkan.
Namun sayangnya, karena ia belum berpengalaman, semua manga buatannya pun sering mendapat penolakan dan juga kritikan pedas.
Chaos-Chan yang mempunyai mental lemah, tentu saja sangat syok mendengar hal itu. Hingga akhirnya, editornya menyarankan dia untuk masuk ke sebuah asrama khusus mangaka perempuan.
Di sana, ia memiliki teman dan bisa bersosialisasi dengan baik. Selain itu, Chaos-Chan pun dapat belajar banyak bagaimana caranya membuat manga yang menarik.
